技术平台

科络思生物开发了基于光亲和探针的化学蛋白质组学靶点鉴定技术平台。该技术平台能够在活细胞中捕获小分子-蛋白质之间的动态结合，并实现分离富集，在组学水平全面鉴定非共价小分子药物直接作用靶点。

基于光亲和探针的化学蛋白质组学靶点鉴定技术平台包括探针设计合成，探针活性评估，探针标记，标记蛋白质富集分离，蛋白质组样品制备，液质联用高分辨质谱数据采集和数据分析等多个关键环节。非共价小分子药物种类繁多，包括但不限于化学合成药物、中药单体、天然产物及其衍生物、内源性代谢物等。一般情况下，可将非共价小分子药物改造成具有相似生物活性的光亲和化学探针。当探针进入细胞并和靶点结合后，利用原位快速光交联技术，在活细胞中即可将非共价动态相互作用转化为稳定共价相互作用。随后，借助于生物正交反应，探针结合蛋白即可被选择性分离富集，从而实现对低丰度靶点蛋白质的鉴定。再结合空白组，非交联组，原药竞争组等实验设置，即可全面准确的定量检测非共价小分子药物的靶点蛋白，解析作用机制，发现新的潜在靶点，为药物研发提供更为丰富和准确的信息。

服务内容

案例展示

案例介绍：在新药筛选过程中，基于细胞活力筛选技术，发现化合物A对目标细胞有显著抑制作用，为了从分子层面深入鉴定其靶点蛋白质及解析机制，并发掘潜在新靶标。我司针对化合物A的结构和活性特性，设计合成光亲和探针Probe A（含光交联与生物正交基团）。利用化学蛋白质组学技术平台，在活性相关的细胞系中运用荧光标记法和质谱技术进行靶点蛋白鉴定。结合生物信息学分析手段，深入探究化合物A的作用机制及其相关的新靶标蛋白。

数据展示：基于荧光胶分析的标记实验，Probe A能够有效标记蛋白质，且标记信号能够被化合物A显著竞争，表明Probe A与化合物A靶点覆盖度类似，能够用做化学探针工具，进行后续靶点发现。

Volcano plot 展示Probe A vs DMSO （Direct）实验中，114个蛋白质（上图红色标注）被Probe A探针显著性富集； Probe A vs (A+Probe A) (Competition) 实验中， 38个蛋白质（下图红色标注）被Probe A标记且被原始化合物A显著性竞争；两组实验产生32个高置信度A结合蛋白质。（n = 3, ratio ≥2，p-value ≤ 0.05 ）。对32个高置信度A结合蛋白质进行GO_Biological pathway分析，候选蛋白质显著富集在phospholipid efflux, negative regulation of lipase activity, regulation of sterol transport等信号通路中，与表型吻合。