技术简介

蛋白质是生物活动的执行者,也是目前药物开发的主要靶点。从蛋白质组水平上评估药物效果,对于药物靶点的探测、验证和优化至关重要,也极大地推动了创新药物的研发进程。

基于差异蛋白质组分析的靶标发现通常采用的策略是比较疾病和正常生理状态或药物处理前后细胞或组织中蛋白质的表达差异,从而寻找药物作用的靶标。

通过对细胞、组织等生物样品进行全蛋白质组的提取,酶解,肽段分级,高分辨质谱数据采集和搜库检索,可以同时对样品中成千上万个蛋白质进行大规模的定性和定量分析,进而也能比较不同样品中蛋白质的种类和丰度。

科络思生物提供标准化的生物样品处理方案、蛋白质组定量分析技术和专业的数据分析处理。



蛋白质组定量分析技术

非标记定量技术(Label Free Quantification, LFQ):无需同位素标记,快速比较大量样本间的蛋白质丰度差异,适用于细胞、组织、血液等样本。


还原二甲基化标记定量技术(REDI):在还原性条件下,借助于同位素标记的甲醛对复杂肽段样品中的赖氨酸侧链氨基与N端氨基进行同位素标记,可实现二重或三重定量比较,经济便捷,普适性强,适用于细胞、组织、血液等样本。


串联质谱标记定量技术(Tandem mass tags,TMT/IBT):TMT和IBT试剂是由具有胺反应活性的NHS-酯基团,质量标准化基团和MS/MS报告基团组成。每个标记试剂的同位素标签具有相同的前体质量,试剂标记酶解后的肽段,可与氨基酸N端及侧链的伯胺基团发生反应,再通过报告基团进行检测。通过TMT/IBT试剂对复杂肽段样品进行同位素标记,最高可同时对16个样品同时分析,优势?适用于细胞、组织、血液等样本。


稳定同位素氨基酸代谢标记定量技术(Stable isotope labeling with amino acids in cell culture,SILAC):在细胞培养时加入含同位素的培养基,实现对不同条件处理的细胞蛋白质组的同位素标记。在蛋白样本处理前期即可完成差异组合并,避免后续操作引入误差。



案例展示



服务内容

疾病、药物处理和环境刺激等条件引起的全蛋白质组差异蛋白定量分析

亚细胞结构(细胞膜、细胞核、线粒体等)全蛋白质组定量分析

全蛋白质组水平生物标志物的发现



应用文献

[1]Insights into the proteome of gastrointestinal stromal tumors-derived exosomes reveals new potential diagnostic biomarkers. Mol Cell Proteomics. 2018,17(3):495-515. 胃肠道间质瘤蛋白质组学分析助力生物标志物的鉴定

[2]A quantitative proteome map of the human body. Cell. 2020,183(1):269-283.e19人体不同组织的定量蛋白质组学分析

[3]Integrated proteogenomic characterization across major histological types of pediatric brain cancer. Cell. 2020,183(7):1962-1985.e31.不同病理阶段儿童脑肿瘤的定量蛋白质组学分析